अंकुरित खाद्य पदार्थों में प्रोटीन, फाइबर और आवश्यक पोषक तत्व प्रचुर मात्रा में होते हैं, लेकिन इन्हें कच्चा खाना स्वास्थ्य के लिए खतरनाक हो सकता है—विशेषकर बच्चों, गर्भवती महिलाओं और ऑटोइम्यून रोगों से ग्रस्त लोगों के लिए। विशेषज्ञों का कहना है कि कच्चे या अधपके अंकुरित बीजों जैसे अल्फाल्फा और राजमा में ई. कोलाई जैसे खतरनाक बैक्टीरिया हो सकते हैं, जो फूड पॉइजनिंग का कारण बन सकते हैं। कमजोर प्रतिरक्षा प्रणाली या संवेदनशील पाचन वाले लोगों को पेट फूलना, गैस या पेट में असुविधा हो सकती है। अंकुरित प्याज, लहसुन और आलू भी विषैले या स्वादहीन हो सकते हैं, खासकर अगर उन पर फफूंदी हो, बदबू आए या वे नरम हो जाएँ। अंकुरित राजमा में फाइटोहीमैग्ग्लुटिनिन पाया जाता है, जो ठीक से पकाया न जाए तो आंतों को नुकसान पहुँचा सकता है। यदि आप उच्च जोखिम समूह में आते हैं, तो अंकुरों को अच्छी तरह पका कर खाएं या पूरी तरह से बचें।